Berdasarkan SK Rektor nomor 123/P/SK/Set.R/2001 tanggal 27 November 2001, Kantor Jaminan Mutu bertugas menjaga penerapan sistem jaminan kualitas baik dari dalam (internal) atau di luar (eksternal) UGM. Untuk program studi penjaminan mutu internal dimaksudkan untuk mengidentifikasi kekuatan, kelemahan, potensi ancaman dan gangguan, serta program studi akan dapat memperbaiki hal-hal yang perlu diperbaiki. Sedangkan pelaksanaan penjaminan mutu eksternal tidak dimaksudkan untuk menjadikan program studi kuat dan unggul dalam hanya kalangan terbatas, tetapi juga diharapkan bahwa program studi mungkin juga dikenal dan memiliki reputasi yang sangat baik di lingkungan yang lebih luas.