Kantor Jaminan Mutu Universitas Gadjah Mada (selanjutnya disingkat KJM-UGM) didirikan pada tanggal 27 November 2001 sesuai dengan SK Rektor nomor 123/P/SK/Set.R/2001. KJM-UGM sesuai dengan SK pendiriannya mengemban tugas untuk melakukan:

1. Perencanaan dan pelaksanaan sistem jaminan mutu secara keseluruhan di Universitas Gadjah Mada
2. Pembuatan perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan sistem jaminan mutu
3. Pemantauan pelaksanaan sistem jaminan mutu
4. Auditing dan evaluasi pelaksanaan jaminan mutu
5. Pelaporan secara berkala pelaksanaan sistem jaminan mutu di Universitas Gadjah Mada kepada Rektor.

Pendirian KJM-UGM diawali dengan kegiatan-kegiatan yang terkait dengan peningkatan mutu pembelajaran, antara lain Teaching Improvement Workshop (TIW) 2001 Fakultas Teknik, Akta-5, Applied Aproach, dan PEKERTI. Selain itu, sejak tahun 1999 sampai sekarang UGM menjadi anggota aktif dalam ASEAN University Network on Higher Education for Quality Assurance (AUN-QA). Pengalaman bekerja sama dengan AUN-QA dan European Community dalam AUN Program, serta Quality for Undergraduate Education Project (QUE-Project, 1998-2005) telah melahirkan Kantor Jaminan Mutu (KJM) pada tahun 2001.

Konsep Sistem Penjaminan Mutu – Perguruan Tinggi (SPM-PT) di UGM telah dibuat dan disosialisasikan kepada seluruh pimpinan, pengurus, dosen, mahasiswa, dan tenaga kependidikan di tingkat universitas dan fakultas pada tahun 2002. Dari hasil evaluasi terhadap pelaksanaan sosialisasi konsep SPM-PT disusunlah dokumen akademik (yang berupa kebijakan akademik, standar akademik, dan draf peraturan akademik) dan dokumen mutu (yang berupa manual mutu dan prosedur mutu) di tingkat universitas dan fakultas, serta spesifikasi dan kompetensi lulusan di tingkat program studi. Keberhasilan penyusunan dokumen tersebut karena adanya komitmen yang sangat kuat dari Pimpinan UGM, dan dukungan tenaga dari para auditor internal UGM (yang telah mengikuti pelatihan SPM-PT dan Audit Mutu Akademik Internal (AMAI) UGM). Para auditor internal tersebut sekaligus menjadi motor penggerak pembentukan organisasi pelaksana SPM-PT UGM di seluruh fakultas di lingkungan UGM.

Kegiatan pelatihan SPM-PT dan AMAI yang pertama dilaksanakan pada tanggal 18-24 Oktober 2003, dengan ketua fasilitator Assoc. Prof. Damrong Thawesaengskulthai dari Chulalongkorn University Thailand. Berdasar kepada kelengkapan dokumen dan telah tersusunnya semua perangkat organisasi SPM-PT UGM, maka pada tanggal 11 Oktober 2004 dideklarasikan Pelaksanaan Menyeluruh SPM-PT UGM oleh Rektor.

Sampai dengan 2015 telah dilaksanakan 11 siklus SPM-PT/ SPMI dan AMAI/ AMI program studi jenjang S-1, 6 siklus SPM-PT/ SPMI dan AMAI/ AMI program studi jenjang S-2, 5 siklus SPM-PT/ SPMI dan AMAI/ AMI program studi jenjang S-3 dan vokasi, serta lima kali audit fakultas dan dua kali audit Sekolah Pascasarjana dan Vokasi.

KJM membantu penyusunan portofolio UGM untuk proses akreditasi institusi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Setelah melalui tahap penilaian meja (desk assessment) dan penilaian lapang (site assessment) pada akhir tahun 2007, rapat paripurna BAN-PT pada tanggal 7 Maret 2008 memutuskan Universitas Gadjah Mada Terakreditasi A (Sangat Baik). Demikian juga pada akreditasi institusi periode kedua untuk UGM yang dilaksanakan tahun 2012, kembali UGM mendapat nilai A, bahkan dengan nilai tertinggi saat itu.

Dari tahun 2005 KJM membantu Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi sebagai fasilitator pelatihan SPM-PT/ SPMI dan AMAI/ AMI bagi seluruh perguruan tinggi di Indonesia, sampai dengan tahun 2007 lebih dari 700 perguruan tinggi ikut serta dalam pelatihan tersebut.

Dari tahun 2013 KJM telah diperluas lingkup tanggung jawab dan wewenangnya meliputi 1) penjaminan mutu Pendidikan dan 2) penjaminan mutu Pengabdian kepada Masyarakat. Sehubungan hal tersebut, sejak tahun 2013 mulai dilakukan penjaminan mutu jurnal UGM sebagai sarana publikasi hasil-hasil penelitian UGM dan nasional serta mendorong jurnal UGM terakreditasi DIKTI dan Scopus melalui pemberian grand akreditasi.

Dari tahun 2014 lingkup tanggung jawab dan wewenang dari KJM kembali diperluas dan diperjelas melingkupi: 1) Bidang Penjaminan Mutu Pendidikan, 2) Bidang Penjaminan Mutu Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat dan 3) Bidang Informasi dan Sistem Pendukung.

Dari tahun 2015 dilakukan restrukturisasi/perampingan organisasi KJM dengan hanya menetapkan staf struktural dan tenaga administrasi, dan menghilangkan struktur staf ahli. Namun demikian dalam pelaksanaan kegiatan KJM tetap melibatkan pihak yang berkompeten dengan membentuk tim task force kegiatan yang bersifat ad hoc.

Pada tahun 2016, fokus kegiatan KJM pada pengembangan sistem informasi pendukung berupa SI untuk pengelolaan persiapan akreditasi BAN-PT Program Studi (SIJAMU),  keperluan AMI Program Studi (EDPS) maupun SI untuk kegiatan internal KJM seperti sistem persuratan dan pelatihan. Di bidang pendidikan fokus kegiatan berupa integrasi sistem Audit Mutu Internal (AMI) antara AMI Fakultas/Sekolah dan AMI Program Studi dalam satu kesatuan jadwal dan tim auditor, sehingga dihasilkan periode pelaksanaan AMI yang optimal dan temuan audit yang lebih komprehensif. Selain itu juga kegiatan persiapan akreditasi internasional ABET untuk bidang teknik dan ASIIN untuk bidang sains yang diikuti oleh 13 Program Studi. Dalam hal sertifikasi AUN,  pada tahun 2016 ini sebanyak 6 prodi telah divisitasi dan 6 Self Assessment Report (AUN-SAR) telah berhasil disusun untuk diajukan visitasi pada tahun 2017.  Selanjutnya untuk bidang Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat fokus pada pengembangan sistem penjaminan mutu, pengembangan instrumen audit dan pelaksanaan Audit Mutu Internal untuk Laboratorium, Pusat Studi, dan Unit Kegiatan Mahasiswa.